ส่วนการถือปฏิบัติช่วงประกอบศาสนกิจ ให้ยึดตามที่สำนักจุฬาราชมนตรีกำหนด คือให้ทุกคนอาบน้ำละหมาดมาจากที่บ้าน และให้นำผ้าปูละหมาดส่วนตัวมาจากบ้าน พร้อมทั้งสวมหน้ากากอนามัยตลอดระยะเวลาของการปฏิบัติศาสนกิจ โดยให้ทุกคนยืนตามจุดที่มัสยิดได้จัดทำเครื่องหมายกำหนดไว้
การปลดล็อคให้พี่น้องชาวไทยมุสลิมประกอบศาสนกิจที่มัสยิดเป็นวันแรกในครั้งนี้ พบว่ามีประชาชนชาวไทยมุสลิมเดินทางมาประกอบศาสนกิจที่มัสยิดแห่งนี้เพียง 40 เปอร์เซ็นต์เท่านั้น เมื่อเปรียบเทียบกับในช่วงก่อนที่เชื้อไวรัสโควิด-19 จะแพร่ระบาด ส่วนพี่น้องชาวไทยมุสลิมอีกร้อยละ 60 คาดว่าน่าจะดูท่าทีว่าหลังจากการปลดล็อคให้ประกอบพิธีละหมาดที่มัสยิดแล้ว จะมีการติดเชื้อไวรัสโควิด-19 หรือไม่อย่างไร ก่อนที่จะตัดสินใจเดินทางมาประกอบพิธีละหมาดดั่งเดิม และประการสำคัญยังงดการสลามด้วยการสัมผัสมือ การสวมกอดและการแสดงออกที่สัมผัสที่แก้มต่อกัน โดยให้ยกมือพร้อมกล่าวคำว่าสลามต่อกันเท่านั้น และยังไม่อนุญาตให้เด็กและสตรี เข้าร่วมการละหมาดที่มัสยิดโดยเด็ดขาดในระยะนี้ จนกว่าจะมีคำสั่งเปลี่ยนแปลง